Убегая от Скорпиона через портал из Преисподней, колдун Куан Чи находит древнюю гробницу, в которой лежат мумифицированные остатки непобедимой армии Короля Дракона – первого императора Внешнего Мира. Колдун понимает, что, воскресив эту армию, он может стать непобедимым.
Для этого ему необходимо поместить в мумии души мертвых воинов. Для этого он предлагает сделку другому колдуну - Шанг Цунгу, пообещав ему бессмертие и вечную молодость, если тот согласится. Так рождается Смертельный Альянс. Перед тем, как начать исполнение своих планов, колдуны решают убрать тех, кто может им помешать. Первой их целью стал император Внешнего Мира – Шао Кан. Найдя Кана в его дворце, они присягнули ему в верности. Но это был лишь отвлекающий маневр. Как только представилась возможность, колдуны убили Шао Кана. Затем колдуны с помощью скрытого портала перенеслись на Землю, где находится человек, представляющий самую большую опасность для колдунов – Лю Кенг, чемпион Смертельной Битвы. Хотя Шанг Цунг проигрывал в битве, помощь Куан Чи помогла колдуну одержать победу. Свернув Лю Кенгу шею, Шанг Цунг отомстил за своё поражение на десятом турнире и заполучил его душу.
Теперь, когда им ничего не угрожает, колдуны возвращаются во Внешний Мир, где они начинают воскрешать армию Короля Дракона. А в это время Рэйден, бог-покровитель Земли, отказавшийся от статуса Старшего Бога, собирает союз из лучших бойцов, чтобы остановить Смертельный Альянс.